ריח הצואה קשור בעיקר לתהליכים מזיקים המשפיעים על חומצות האמינו הנמלטות מספיגת המעיים. חומרים מזינים אלה יורטים למעשה על ידי חיידקי המעי הגס, ועוברים תהליך decarboxylation המייצר את האמינים הרעילים הבאים:
ארגינין → אגמטין
ציסטין וציסטאין → מרקפטן
היסטידין → היסטמין
ליזין → קדאברין
אורניטין → putrescine
טירוזין → טיראטינה
טריפטופן → אינדול וסקייטול
רבים מהחומרים הללו מעניקים לצואה ריח לא נעים במיוחד. הצואה נעשית די ריחנית גם כשהן נשארות במעי זמן רב, כמו גם במקרים של ספיגה לא סופית (צליאק, אי ספיקת לבלב, דלקות מעיים, מחלת קרוהן, קוליטיס כיבית, תסמונת המעי הקצר, סיסטיק פיברוזיס, כבד מחלות ודרכי המרה ומחלות הקיבה המלווה בהיפוכורהידריה). כאשר ספיגה לקויה היא בעיקר חלבון, ריח הצואה מעורר בחילה, בעוד הוא הופך חריף וחודר כאשר מגיעים כמויות גדולות של סוכרים ועמילנים בלתי נספגים או מעוכלים במעי הגס, ולאחר מכן מותססים על ידי הצמחייה המקומית בייצור חומצות שומן נדיפות. .
שלשול הצואה והצואה מריחים לא טוב.
צואה עם ריח של דגים או זרע אופיינית לדיזנטריה ביצית, כולרה ובכלל יותר של רירית.
לסיכום, ריח הצואה מושפע אפוא מהרגלי אכילה (כמות חלבון, מזון ארומטי כגון שום או בצל וכו '), מצמחיית חיידקי המעיים, ממצב הבריאות והרגלים מסוימים (כגון עישון או לעיסה). באופן כללי, צריכת ארוחות קטנות ומאוזנות היטב, מבלי לשייך כמויות גדולות של מזונות "שאינם תואמים" (ראה תזונה מנותקת), מסייעת לייעל את תהליכי העיכול, להפחית את שכיחות ההפרעות כגון מטאוריזם וגזים, ולתת את צואה ריח sui generis.
כל מקרה בו הריח הרע של הצואה מלווה בסימפטומים כגון צואה שחורה, עכורה או חיוורת, נוכחות של דם באותו, חום, צמרמורות, התכווצויות בטן קשות, נוכחות רירית בשפע בצואה וירידה במשקל.
