תופעות הלוואי של פרוביוטיקה עדיין אינן מתועדות היטב, בשל המשתנים הרבים המשפיעים על המחקרים המדוברים.
/ שמרים המראים "פעולה חיובית על" איזון פלורת חיידקי המעי; אך איזה מבין זני הפרוביוטיקה הרבים הוא המתאים ביותר לוויסות המושבה האנטרית "שלנו"? גנטיקה, היכרות, סובייקטיביות, הנקת תינוקות, אורח חיים, תזונה וכו '. אלה הם האלמונים המשפיעים על בחירת זן החיידקים המתאים, ואשר יש להעריך אותם על מנת להימנע מתופעות לוואי של פרוביוטיקה.
עם זאת, מהמחקר שנערך על ההשפעות הגנריות של פרוביוטיקה, צמחו כמה היבטים שמשאירים אותנו מבולבלים מהקלילות שבה הטיפול הזה מנוהל.
נגד מתכות או מינרלים הכלולים במוצרי תרופות; נוכחותם של "מזהמים" אלה מגבילה את היישום הטיפולי של מוצרים מסוימים רק לצרכנים שאינם בעלי רגישות יתר קשורה.
