חשוב להבחין בין שלשול כרוני לשלוט, לאתר את הבעיה במעי הדק או הגדול ולהבין אם השלשול נובע ממחלה ראשונית של מערכת העיכול או אם היא תוצאה של מחלה חוץ -מעי.
בהתחשב בסיבות השונות לשלשולים ובאופיו המגביל את עצמו, הגישה האבחנתית צריכה להשתנות בהתאם להיסטוריה הקלינית של המטופל, חומרת התסמינים וזמינות הבעלים.
הם הגורמים השכיחים ביותר. במקרים אלה, האנמנזה חשובה מאוד (מגע עם בעלי חיים חולים, אי סבילות ידועה, שהייה בכלביות, צריכת מזון לא מבושל או מקולקל). נוכחות ריר, דם חי, קושי ודחיפות בצואה מעידים על בעיה במעי הגס. , בעוד ירידה במשקל ודם מעוכל מעידים על מעורבות של המעי הדק.
לבעלי חיים עם שלשול קל, צריכת מזון ומים רגילים, ללא הקאות או התייבשות, טיפול תומך מספיק לעתים קרובות. במקרה של התקדמות סימנים קליניים, עם התייבשות ואובדן תיאבון, יש צורך בבדיקות אבחון נוספות כגון בדיקות צואה, בדיקות למחלות זיהומיות ובדיקות דם, תוך התייחסות מיוחדת לבעלי חיים עם סימנים למחלות מערכתיות.
שלשולים בבעלי חיים נלווים קשורים ל- Clostridium perfringens, Clostridium difficile, Campylobacter, Salmonella ו- E. coli. אולם מצד שני, בעלי חיים בריאים רבים מכילים חיידקים אלה, וממצאם אינו בהכרח מרמז על הימצאותם של סימנים קליניים.
בפרט, קיים מתאם לכאורה בין C. perfringens ושלשול דימומי חריף, אך לא ברור אם נוכחותו של חיידק זה היא הסיבה או התוצאה, עקב "שינוי במיקרופלורת המעי; אותו הדבר נכון לגבי ג קשה.
קמפילובקטר, לעומת זאת, מסוגל לגרום לתסמינים במערכת העיכול במיוחד בבעלי חיים צעירים שנחשפים לגורמים גורמים כגון לחץ, צפיפות ומחלות נלוות.
סוגים מסוימים של אי - קולי יכול לגרום לדלקות מעיים אצל כלבים עם מערכת חיסונית לקויה, ולעתים קרובות הם מעורבים בקוליטיס גרנולומטית של בוקסר, כאשר נגעים דומים מתוארים גם בבולדוג הצרפתי ובבולדר קולי.
