קשר הפפטיד הוא קשר קוולנטי הנרקם בין שתי מולקולות, כאשר קבוצת הקרבוקסיל של אחת מגיבה עם קבוצת האמינו של השנייה באמצעות תגובת עיבוי (או התייבשות, המובילה - כלומר - לחיסול מולקולת מים). .
בדרך כלל, הקשר הפפטיד נוצר בין שתי חומצות אמינו, וכתוצאה מכך נוצר דיפפטיד.
מאחר שדיפפטיד במולקולה שלו עדיין כולל אמינו וקבוצת קרבוקסי, הוא יכול ליצור קשר פפטיד עם חומצת אמינו שלישית, ולהוליד טריפפטיד וכן הלאה. כאשר מספר חומצות האמינו קטן יחסית הוא נקרא אוליגופפטיד, בעוד שאם מספר חומצות האמינו עולה הוא מכונה פוליפפטיד או חלבון.
במציאות, למרות הדמות, קשר הפפטיד אינו מהסוג הפשוט, אלא בעל אופי של קשר אחד בודד ו -40% אופי של קשר כפול.
באורגניזמים חיים, היווצרות הקשר הפפטיד מזורז על ידי אנזים הנקרא פפטידיל טרנספראז - הנמצא ביחידת המשנה העיקרית של הריבוזומים.
החלבונים המוכנסים לתזונה מורכבים גם משרשראות חומצות אמינו המחוברות לקשרי פפטיד. במהלך העיכול הקשרים הללו נשברים על ידי אנזימים מסוימים (פפטידאזות) הקיימים במיץ הקיבה והלבלב. חומצות האמינו הבודדות, שנקלטו פעם במעי, עוברות מהדם ונאספות על ידי התאים - במיוחד הכבדות - המאחדות אותן באמצעות קשרי פפטיד חדשים ליצירת החלבונים הדרושים להם (לא רק מבנית אלא גם הורמונלית, אנזימטית. , וכו 'למעשה, בטבע ישנם מספר רב של חלבונים, בעלי מאפיינים פיזיקוכימיים שונים, הנובעים מהתכונות השונות של 20 חומצות האמינו הרגילות ומהאופן שבו הם משתלבים בשרשרת הפוליפפטיד. רק תחשוב שחלבון של 100 חומצות אמינו, לכן קטנות יחסית, היא יכולה להיות מורכבת מ -2010 = 1.27 x 10130 שרשראות פוליפפטיד אפשריות. ההוראות לבניית שרשרת חומצות האמינו הנכונות נמצאות בגנום הפרט.
